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2800多年前，轩辕黄帝在打败蚩尤后统一了中原各部落，筑“坛于沛泽之中”，称为“朝日之坛”，并定都于涿鹿（今河北涿鹿）。 据《周礼》记载，当时已有“朝日”、“夕月”的仪式。
汉武帝时期建立祭祀泰山和五帝的固定制度，每年十月和五月举行两次大典。 东汉时，天子祭五岳、四渎。 五岳为岱山（泰山）、华山、恒山、衡山、嵩山； 四渎是江、河、淮、济。
三国曹魏明帝时将祭祀改在三月，并与正月朔拜皇帝日月并重。 西晋武帝时又恢复汉代制度，以三月祭天地、九月祭尧典，以正月及十月上辛祀帝喾、舜。以后各朝大体相沿。 唐代大中元年(公元847年)，唐宣宗认为祖宗祭祀天地不用牲牢（猪羊等家畜），“惟用少牢”，即“一豚肉”而已，于是下诏省废二祖五郊、圜丘方丘、朝日夕月的祭祀，只剩下泰山、梁父山的封禅，祭祀天地只用“黄粢（zī）米”。
到了清代，皇帝祭祀天地、山川仍按定制而行，此外还增加了“坛渊池”和“南郊”两次大祭，分别在南苑和圆明园进行。 1934年，国民党政府“中央农政委员会”设“农业实验所”，选址在西安西北约三十里的草滩上，建设规模约为原拟规划的三分之一。 1956年，更名为“中国科学院西安分院生物研究所”，又称“陕西野外观测台站”。 1978年以后，陆续建立了细胞遗传实验室、植物抗逆性研究室、生化遗传室、微生物代谢研究室等机构。 1995年7月，经国家科学技术委员会批准成立“基因组研究国家重点实验室”。 2001年6月，被科技部评定为国家重点实验室。